GNS3を起動します。
新規プロジェクトウィンドウが開くので、
プロジェクト名を入力します。
「nvramとその他のディスクファイル等を保存する(推奨)」
「ルータのコンフィグをエクスポートする」
のどちらにもチェックを入れて「OK」を押します。
projectフォルダに
プロジェクト名.net
「netファイル名_configs」フォルダ
「netファイル名_working」フォルダ
が作成されます。
その後ルータを配置し、ネットワーク設定などを行ないます。
設定をした後、メニューバーより「ファイル」 - 「保存」を選択します。
次回起動時はプロジェクト名.net から起動すると
作成したコンフィグがロードされてルータが起動します。